明、清兩代國家勢力及於台灣及其周邊地域，政府機構所產出的台灣關係行政檔案文書，數量十分龐大，是重建台灣歷史相當重要的憑藉；這些由官方記錄、保存的資料，一點一滴記載社會變遷的細節，對於瞭解當時的政治、經濟、民生等相關背景，可提供豐富有力的佐證，是人文社會學科研究的重要參考。為讓現代讀者能夠更方便瞭解與運用，文建會邀請李文良助理教授等學者專家，進行計畫性的資料徵集，並對這批史料進行校勘、考證與標點，為台灣史研究與學習建立紮實基礎。

部分資料因出於方志、文集與碑刻，缺乏詳細的年月日記載，不利研究運用，故研究團隊進行標點與校對的同時，也一併考證史料完成年代、人名、地名……等相關關鍵詞，並註錄初步詮釋資料（Metadata），配合「按年代瀏覽」、「按資料來源瀏覽」與「搜尋」三大檢索功能，可大幅發揮資料庫效益，節省研究人員的精力與時間。此外，並提供「台灣史料集成提要」PDF檔，以利相關資料查詢使用。

《清代臺灣方志彙刊》內容包含清代「康熙福建通志（臺灣府部份）」、「臺灣府志」、「諸羅縣志」、「鳳山縣志」、「臺灣縣志」、「臺灣志略」、「澎湖志略」……等方志，以及日治時期同治年間的「新竹縣制度考」、「嘉義管內采訪冊」、「苑裡志」……等方志。「方志」是傳統中國官府為了從事地方統治，而編纂的地方知識的匯集，內容包括山川地理、歷史沿革、行政府建置與運作方式、地方財政、民俗風情等，可以說是「地方百科全書」。今天則成為我們了解地方歷史、民俗的基礎史料。因此，清代的臺灣方志己成為後代人研究臺灣歷史的重要參考文獻。

《臺灣總督府檔案抄錄契約文書》內收錄的契約文書，源自日治時代的同治三十七、三十八年間（西元1904～1905），總督府進行地租改正事業、土地整理事業及土地登記事業的過程中，為確立土地業主權，由政府官員抄錄各類由民間呈繳的證據書類。土地契約不但是構築與支撐傳統民間社會之基礎，也是維持土地秩序的重要表徵，透過現存數量龐大的土地契約文書，不但可細緻地重建臺灣開發史、釐清租佃關係，更可據以理解傳統中華帝國的社會秩序構造；這些珍貴史料不僅是民間社會自己的文字記錄，亦能能幫助我們深入特定地域社會的發展歷程，更有助我們理解一世紀前臺灣社會的經濟活動及在清帝國之下的社會秩序結構中的地位。

收錄清康熙二十二年（1683年）清帝國領有臺灣之前，論及臺灣本島及鄰近海域（含澎湖、金門、馬祖）的行政公文史料，但書信、議論以及具社會規範作用之公文，原則上不在收錄之列；資料來源以明清檔案之已刊文獻為主，蒐集範圍及於各種明清檔案、方志、碑刻以及文集等，經研究團隊進行點校與年代考證，可透過「原始資料來源」與「年代」兩種方式瀏覽，增加查閱史料的便利性。

收錄清雍正元年（1723）至宣統三年（1911）清帝國所頒發之臺灣相關諭旨，以及保存於諭旨類檔冊中的奏片、清單、供詞、咨、函等非諭旨文件。資料以中國第一歷史檔案館出版的《雍正朝漢文諭旨匯編》、《乾隆朝上論檔》……到《光緒宣統兩朝上諭檔》為主體，輔以臺灣故宮之史料，匯合二大機構的清代文獻典藏，整理出完備的諭旨類臺灣關係史料。